La Iglesia Nacional Presbiteriana de México, A.R., de acuerdo con su herencia protestante y reformada, admite que sólo hay dos sacramentos instituidos por Jesucristo, estos sacramentos son:
BAUTISMO
La Iglesia Presbiteriana considera el bautismo como el acto por medio del cual aquellas personas que han creído en Jesucristo y lo han aceptado como Salvador y Señor y así lo han testificado por medio de una profesión pública de su fe, no sólo son admitidos en la Iglesia Visible y dentro de la Familia de Dios, sino que a través de dicho acto reciben la señal y el sello del Pacto de Gracia y de este modo, expresan que han experimentado en su encuentro personal con Cristo, el lavamiento o regeneración que opera el Espíritu Santo en el interior de sus vidas. El elemento externo que se usa para este acto es el agua común y la forma y práctica para administrarlo, tanto a los niños como a los adultos, es por aspersión o efusión y debe ser oficiado por un ministro debidamente autorizado por el Presbiterio y administrarse en el nombre del Padre, del Hijo y del Espíritu Santo. En casos especiales, puede administrarlo un anciano de la iglesia, autorizado debidamente por el presbiterio. Este sacramento debe administrarse una sola vez a cada persona. Asimismo, deberá realizarse normalmente ante la congregación como un acto de testimonio público de fe. El sacramento del Bautismo se administra a los infantes, hijos de miembros de la Iglesia (por lo menos uno de los padres), tomándolos como beneficiarios del Pacto de Gracia.
SANTA CENA
Entre 1856 y 1859 se celebró la primera santa cena en el Grayson Mallet Prevost. En 1864 se celebran reuniones de culto en su casa y después en la casa de Severo Cosío para sus amigos liberales. En 1866 la Sociedad Bíblica Americana se hospeda en su casa. En 1873 cuando llega el misionero presbiteriano Henry C. Thomson comienzan una obra más formal, comprando un ex convento agustino.
Para la Iglesia Presbiteriana es el sacramento, que expresa la Obra Redentora de Jesucristo y uno de los medios de gracia para la nutrición espiritual y testimonio de los creyentes acerca de su unión con Cristo, como el nuevo Pueblo de Dios; unión sellada con el Nuevo Pacto, a través de su sangre. Reconoce que este sacramento fue instituido directamente por Jesucristo, la noche en que fue entregado a sus enemigos. Utilizan dos elementos, el pan y el vino. Siendo el pan, pan común, a criterio de cada iglesia. Aunque algunas iglesias prefieren usar pan u obleas sin levadura, quedando en libertad para hacerlo. En cuanto al vino, usan preferentemente jugo auténtico de uva; pudiendo usar también vino de consagrar.
